De benedenkapel. Via een zijdeur kun je in de benedenkapel binnen, die ook wel de crypte wordt genoemd. Het contrast tussen het interieur van deze kapel (de Basiliuskapel) en de facade van het trappenhuis kan niet groter zijn. De kapel heeft weinig decoratieve elementen maar het is wel enige gedeelte van het hele gebouw dat nog steeds zijn originele vorm heeft. Het is zelfs één van de best bewaarde voorbeelden van romaanse bouwkunst in Brugge. De grootste ruimte bestaat uit drie beuken, overdekt door een kruisrib gewelf dat ondersteund wordt door stevige pilaren. In een kleine ruimte naast de kapel staat er een standbeeld van Christus en een graf. De doorgang tussen de twee ruimten is versierd met een timpaan dat het heilige doopsel uitbeeldt.

De bovenkapel.  Via de trap kom je terecht in de bovenkapel, de eigenlijke basiliek van het Heilig Bloed. Je zal versteld staan van het verschil tussen deze kapel en de donkere crypte beneden. De basiliek werd herbouwd in neogotische stijl, het baadt in het licht en is heel kleurrijk afgewerkt. De ruimte is éénbeukig en heeft een zijkapel. Het indrukwekkende houten gewelf is een echte eye-catcher.

Naast de kapel is er ook een kleine ruimte die is ingericht als een museum. Hier wordt het relikwie van het Heilig Bloed bewaard in een rijkelijk versierd schrijn. Hou er rekening mee dat er een wachtrij kan zijn om het relikwie van dichtbij te zien.